चूंकि टोमैटो ब्राउन रूगोज फ्रूट वायरस दुनिया भर में टमाटर और काली मिर्च के पौधों को संक्रमित करता है, बीज कंपनियां एक प्रतिरोधी टमाटर के प्रजनन पर काम कर रही हैं।
टमाटर की जीनोमिक अनुक्रमण परियोजनाओं की शुरुआत से पहले ही टमाटर प्रजनकों के लिए समृद्ध आनुवंशिक और जीनोमिक संसाधन उपलब्ध थे। बड़े टमाटर जर्मप्लाज्म संग्रह लंबे समय से कई स्थानों पर स्थापित किए गए हैं। दुनिया भर के जीनबैंकों में 75,000 से अधिक टमाटरों को संरक्षित किया गया है। जिनेवा, एनवाई में यूएसडीए जीनबैंक सबसे बड़ा है।
टमाटर जीनोम की सीक्वेंसिंग 2005 में 14 देशों के बीच एक बहुराष्ट्रीय प्रयास के रूप में शुरू की गई थी और 2012 में पूरी हुई। इन प्रयासों को बड़ी मात्रा में आनुवंशिक और फेनोटाइपिक डेटा का विश्लेषण करने के लिए कृत्रिम बुद्धिमत्ता, मशीन लर्निंग और उन्नत एल्गोरिदम के अनुप्रयोग के साथ बहुत तेज किया गया है।
टमाटर पैन-जीनोम
बॉयस थॉम्पसन इंस्टीट्यूट के शोधकर्ताओं ने 2020 में जंगली टमाटर के लिए एक अधिक पूर्ण और उपयोगी टमाटर पैन-जीनोम का उत्पादन करने के लिए एक उच्च गुणवत्ता वाला संदर्भ जीनोम बनाया। उन्होंने जीनोम के उन हिस्सों की खोज की जो फलों के स्वाद, आकार और पकने, तनाव सहनशीलता और रोग प्रतिरोधक क्षमता को रेखांकित करते हैं। अत्याधुनिक अनुक्रमण तकनीकों के लिए धन्यवाद जो डीएनए के बहुत लंबे टुकड़ों को पढ़ सकते हैं, संदर्भ जीनोम मौजूदा डेटाबेस की तुलना में अधिक पूर्ण और सटीक है।
पुरानी अनुक्रमण प्रौद्योगिकियां जो डीएनए के छोटे टुकड़ों को पढ़ती हैं, एकल-आधार स्तर पर उत्परिवर्तन की पहचान करती हैं। हालांकि, वे डीएनए के बड़े हिस्से के सम्मिलन, विलोपन, व्युत्क्रम या दोहराव जैसे संरचनात्मक रूपों को खोजने में अच्छे नहीं हैं।
2019 में, शोधकर्ताओं के एक अंतरराष्ट्रीय समूह ने 725 phylogenetically और भौगोलिक रूप से प्रतिनिधि किस्मों से जीनोम अनुक्रमों का उपयोग करके एक टमाटर पैन-जीनोम का निर्माण किया। इस डेटाबेस में 4,873 जीन शामिल हैं जो मूल संदर्भ जीनोम में नहीं पाए गए। वर्तमान/अनुपस्थित भिन्नता विश्लेषणों से पता चला है कि टमाटर के वर्चस्व और सुधार के दौरान जीन की पर्याप्त हानि और जीनों और प्रमोटरों के गहन नकारात्मक चयन का पता चला है।
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